知网查重查了一整晚的原因可能是由于系统故障或网络问题导致的。在进行大批量查重时，系统可能会出现卡顿或崩溃，需要额外的时间来处理。此外，也有可能是为了应对重要文献或任务的查重需求，需要花费更多时间来确保查重结果的准确性。

知网查重查了一整晚的原因还可能与文献量大、查重算法复杂有关。在处理海量文献时，查重系统需要耗费大量计算资源和时间来完成查重任务。同时，为了提高查重的准确性和全面性，系统可能会采用多种算法进行查重，这也会增加查重所需的时间和计算成本。