论文查重网站识别学术不端行为的方法主要包括：文本比对、数据交叉验证、学术规范检测等。文本比对是通过对比待检测论文与已有文献进行相似度分析，发现抄袭行为；数据交叉验证则通过对比数据重复情况来发现学术不端行为；学术规范检测则是针对学术论文的格式、引用规范等进行检测。综合利用这些方法，论文查重网站能够较为准确地识别学术不端行为。

此外，论文查重网站还会结合人工审核来进一步确认学术不端行为。人工审核可以辅助发现一些技术上无法识别的学术不端行为，提高查重的准确性。同时，一些高级别的论文查重网站还会利用人工智能技术，通过大数据分析和模式识别来识别学术不端行为，进一步提高查重的准确性和效率。